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▼INDEX
 【A】 a.a. A.C.
【B】 BSA
【C】 cDNA ChIP-on-Chip cRNA Cyanine色素
【D】 Da DAPI DNA DNAシークエンス DNAマイクロアレイ
【F】 FAM φ FITC
【G】 gDNA
【H】 Hisタグ
【I】 IP
【M】 mer miRNA mRNA
【O】 OD
【P】 PBS PI
【R】 RNA Rhodamine ROX
【S】 SNP
【T】 TAMRA Texas Red Tm値 TUNEL法
【V】 VIC
【あ】 アミノ酸 遺伝子 遺伝子治療 遺伝病 イントロン エクソン
【か】 核 ガン遺伝子 蛍光色素 ゲノム ゲノム創薬 原核生物 抗原タンパク質 抗体医薬 コドン表
【さ】 シリカゲル 真核生物 スプライシング 染色体
【た】 単位換算 タンパク質 テーラーメード医療 転写因子 データマイニング トランスクリプトーム
【は】 ハイブリダイゼーション ハイブリドーマ フェノクロ抽出 フォトリソグラフィ プラスチック プローブ プロテオーム 放射性同位体
【ま】 無血清培地 免疫染色 モノクローナル抗体
a.a.
amino acid (アミノ酸)の略。タンパク質中に存在するアミノ酸残基の数の単位として使われることが多い。
A.C.
Auto Crave (オートクレーブ)の略。"121℃ 2atm で20分間"が標準。
BSA
Bovine Salum Albumin (ウシ血清アルブミン)の略。
アミノ酸組成は次のとおり。607a.a.。
mkwvtfisll llfssaysrg vfrrdthkse iahrfkdlge ehfkglvlia fsqylqqcpf
dehvklvnel tefaktcvad eshagceksl htlfgdelck vaslretygd madccekqep
ernecflshk ddspdlpklk pdpntlcdef kadekkfwgk ylyeiarrhp yfyapellyy
ankyngvfqe ccqaedkgac llpkietmre kvlassarqr lrcasiqkfg eralkawsva
rlsqkfpkae fvevtklvtd ltkvhkecch gdllecaddr adlakyicdn qdtissklke
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dtekqikkqt alvellkhkp kateeqlktv menfvafvdk ccaaddkeac favegpklvv
stqtala
。
cDNA
complementary DNAの略。DNAもしくはRNAを鋳型として作られた、相補的(complementary)な配列のDNA。
一般的にmRNAを鋳型として作られたものをさすことが多い。
ChIP-on-Chip
ChIPはchromatin Immuno-Precipitationの略。
従来のChIPアッセイは、落としてきたDNAを配列特異的なプライマーでPCRし、その配列の有無を確認するのが主流であった。
しかし、本来のターゲットが未知の塩基配列である場合や複数種類である場合、その一つ一つをPCRで確認するには手間がかかる。
そこで落としてきたDNAの配列をマイクロアレイ(Chip)に当てて解析するのがChIP-on-Chipアッセイである。
ChIP-on-Chipアッセイに用いられるマイクロアレイには、プロモータ配列のみを搭載した専用のもの、30 base gap でゲノム配列を片っ端から搭載したTilling Array などがある。
cRNA
complementary RNAの略。
DNAもしくはRNAを鋳型として作られた、相補的(complementary)な配列のRNA。
DNAマイクロアレイ実験においてはmRNAを鋳型に作られたcDNAを鋳型として作られる。
Cyanine色素
Cyanine3とCyanine5が有名。
Cy3, Cy5はGE Healthcare社のライセンス。
それぞれの構造と励起・蛍光波長は下のとおり。蛍光色素の励起・蛍光波長の一覧は蛍光色素参照。
【構造】
【励起・蛍光波長】
Da
ダルトン(Dalton)。分子質量[Molecular Mass]の単位。
タンパク質のおおきさを示す際に用いられることが多い。
生体内のタンパク質は複数のユニットが集まっており、一概に分子量と呼べない事が多いため。
昔は、正確な分子量測定のできないものもあったため、便宜的に用いられた歴史もある。
分圧の法則を発見し、原子量の概念を提唱した J. Daltonの名前に由来する。
質量数１２の炭素原子１個が１２ダルトン。
1 [Da] = 1.66054×10^(-24) [g]
DAPI
4', 6-ジアミノ-2-フェニルインドール酢酸。細胞浸透性があり、一般的に死細胞の核の染色に用いられる。
A-Tとの親和性が高く、DNA2重らせんの副溝(minor groove)に入り込む。
すなわちRNAよりDNAに選択性を示すため、核の対比染色に用いられる。
オリゴRNAの場合は、(dT*303.2)を(dU*298.2)に置き換える。
ただし、この式に基づいて計算された分子量は、オリゴヌクレオチドの5'および3'末端原子の寄与分を調整する必要がある。
リン酸化オリゴヌクレオチド {17+2*(カウンターイオンのMW)} を加える。
非リン酸化オリゴヌクレオチド {61+2*(カウンターイオンのMW)} を差し引く。
オリゴヌクレオチドの一般的なカウンターイオンの分子量[g/mol]は、Na:23.0, K:39.1, TEA:102.2
DNA
デオキシリボ核酸(Deoxyribonucleic Acid)の略。アデニン(A)・チミン(T)・グアニン(G)・シトシン(C)の4種類の塩基と呼ばれる成分が直列に並んだ状態で、遺伝情報を維持する。
ガラスに付着する性質があるので、保存にはプラスチック製の容器を用いる。その性質を利用して、gDNAを単離する操作ではパスツールピペットに絡めとる。
オリゴDNAの分子量(MW)は、次の式で計算できる。
MW[g/mol]={(dA*312.2)+(dC*288.2)+(dG*328.2)+(dT*303.2)}+{(カウンターイオンのMW)-(オリゴヌクレオチドの塩基長)}
オリゴRNAの場合は、(dT*303.2)を(dU*298.2)に置き換える。
ただし、この式に基づいて計算された分子量は、オリゴヌクレオチドの5'および3'末端原子の寄与分を調整する必要がある。
リン酸化オリゴヌクレオチド {17+2*(カウンターイオンのMW)} を加える。
非リン酸化オリゴヌクレオチド {61+2*(カウンターイオンのMW)} を差し引く。
オリゴヌクレオチドの一般的なカウンターイオンの分子量[g/mol]は、Na:23.0, K:39.1, TEA:102.2
DNA Molar Conversions DNAモル換算
1μg of 1,000bp DNA = 1.52pmole (3.03 pmoles of ends)
1pmole of 1,000bp DNA = 0.66μg
(2 x 106)/(660 x number of Bases) = pole ends/μg
[(A x 312.2) + (G x 328.2) + (C x 288.2) + (T x 303.2) - 61.0]
= MW(g/mol) of secific oligonucleotide
DNAシークエンス
DNAの塩基配列を決定すること。
DNAマイクロアレイ
ガラスなどの小さな基板上に微小な間隔で何種類ものDNAを規則的に並べて固定化させたもの。
mRNAの発現を検出するためのものや、ゲノムDNAの塩基配列を解析するものなど、用途は様々。
FAM
5'-carboxyfluorescein。
φ
記号で記載しているので、タイトルが読めない環境の方、ごめんなさい。ファイ[fi]です。
時々目にするこの記号、バイオの世界では"ファージ"を意味します。
派生語で、マクロファージは Mφ と表記されます。
ファージ以外の用法では、φOH → フェノール というのもあります。
FITC
fluorescein isothiocyanateの略。
gDNA
ゲノミックDNA(genomic DNA)の略。ミトコンドリアDNA(mitcondrial DNA, mtDNA)などと区別するために使用する。
Hisタグ
6, 8または10個の連続したヒスチジン残基で、強制発現させた(人工的な)タンパク質の精製に用いられる。
His・Tag/His・Bindによる精製は，His・Tag中の近隣するヒスチジンと固定された金属イオン(Ni2+)との間のアフィニティーに基づくものです。
この金属は、マトリックス上に共有結合している反応基のキレート作用によって保持されています。
最も一般的に使用されるキレート剤としては、ニトリロ三酢酸(NTA)とイミノ二酢酸(IDA)があり、これらは金属イオンと相互作用する部位をそれぞれ4つと3つ有しています。
目的タンパク質の結合、洗浄および溶出に用いるアフィニティーレジンと条件は、非変性条件下および変性条件下にかかわらず、2つのキレート剤でその特性が異なります。
実際、NTAではキレート部位を1つ多く利用できるため、精製中の金属の流失が最少に抑えられ、また、ジスルフィド結合の還元のために20 mMまでのb-メルカプトエタノールと共に使用できます。
一方、IDA系のレジンは他のキレート剤や還元成分が存在する場合、金属流失率がより高くなるため、これらの産物がバッファー中に存在すると精製が不十分に終わることがあります。
しかしIDAレジンは性能を失うことなく、何回も再生使用可能です。
両タイプのレジンとも、条件を修正することで特定の系で発現させた各タンパク質の精製を最適化できます。
一般には、非特異的に結合するタンパク質を減らすために、非変性条件下の洗浄および溶出バッファーのイミダゾール濃度を調節することがあります。
目的のタンパク質はイミダゾールではなく、pHを下げることで溶出することも可能。
IP
免疫沈降(Immuno-Precipitation)の略。特定のタンパク質を特異的に認識する抗体をビーズ(重り)に結合させ、抗原-抗体反応によって目的のタンパク質を精製する。抗体をビーズに結合させる方法としては、G-Proteinなどを利用する方法と、薬剤処理によってビーズに共有結合させる方法がある。
前者は簡易であるが、SDS-PAGEのために煮沸すると沈降に用いた抗体も溶液中に出てしまうため、WBのデータに免疫グロブリンのバンド(H鎖が50kDa、L鎖が23kDa)が強く出てしまう。
後者は前処理が煩雑であり、コストも高いがWBのデータへの影響はほとんどない。
mer
モノマー単位、単量体単位、マー(monomeric unit, monomer unit, mer)。
高分子またはオリゴマー分子中で、単量体1分子から形成される最大の構成単位をいう。
生物の業界では[base]という単位と同義で使われることが多い。
ニュアンス的に、[base]は情報量としての塩基長、[mer]はモノヌクレオチド分子の数としての長さを表わす。
miRNA
micro RNAの略。small RNAよりも小さい(10〜25 mer程度)RNAで、転写や翻訳の制御にかかわることが示唆されている。
mRNA
messenger RNAの略。遺伝子情報は、まずmRNAに変換(転写)されなければ機能しない。mRNAに転写された情報はタンパク質を作る(翻訳)ための設計図になる。
OD
Opitical Densitiy(光学密度)の略で、一般的には吸光度と呼ばれる。⇒詳しくはBIOTECHNOLOGY\ODをご覧ください。
発色試薬を使ったタンパク定量などの場合には、その色素にあった光を用いて測定する。
A_260/A_280は精製した核酸の精製度を見るための指標として使用され、一般的には1.7以上、マイクロアレイ用には2.0以上が"きれい"とされる。
値がこれよりも低い場合にはフェノクロ抽出などを行い、精製する。
マイクロアレイを用いた実験ではフェノールなどの残存がシビアに影響するため、カラム精製が良いが、カラムにトラップされて溶出されない核酸の量が多い。
精製後の収量をあげるためにはエタ沈のほうが良い。
核酸の260, 280の両波長のみをとる場合と、230〜310ほどの幅で、10nm刻みにとる場合があり、後者の場合は230nm付近と260付近にピークのある連続的なカーブを得られる。
A_260の値を用いて核酸の濃度を計算することができる。
【DNAの場合】DNA濃度(ug/ml)=(A_260-A_320)*希釈倍率*50
【RNAの場合】DNA濃度(ug/ml)=(A_260-A_320)*希釈倍率*40
この式では、バックグラウンド値としてA_320をA_260から引いているが、A_260のみで計算することもある。
A_260の吸光度測定ではDNAとRNAを区別することは不可能なので、注意が必要。
Spectrophotometric Conversions 吸光度換算
1A260 unit of double-stranded DNA = 50 μg/ml
1A260 unit of single-stranded DNA = 33 μg/ml
1A260 unit of single-stranded RNA = 40 μg/ml
PBS
phosphate buffer saline。PBS(-)とPBS(+),PBSは厳密には別物。(-)や(+)がつくのはダルベッコ(Dulbecco)の試薬のことで、(-)は(+)からカルシウムイオンとマグネシウムイオンを除いたもの。
PI
Propidium Iodide。カチオン性の蛍光色素であり、DNA の二重らせん構造にintercalateすることにより特有の赤色蛍光が増強される核酸染色色素である。
一部は二本鎖構造のRNAとも結合するため、正確なDNA 染色のためには、二本鎖構造のRNA の除去が必要である。
一般に生細胞の細胞膜は透過せず、死細胞にのみ入り込み核内のDNAにintercalateし赤色蛍光を発する。
したがって死細胞染色色素として利用される。
RNA
リボ核酸(Ribonucleic Acid)の略。
アデニン(A)・ウリジン(U)・グアニン(G)・シトシン(C)の4種類の塩基と呼ばれる成分がある。
r-RNA、t-RNA、m-RNAなどの種類があり、遺伝情報の維持や発現に関与する。
Rhodamine
。
SNP
1塩基多型(Single Nucleotide Polymorphism)の略。ヒトのゲノム情報(約30億塩基)は決定されているが、それぞれの個人には塩基配列の個人差があり、その違いを意味する。
TAMRA
Carboxytetramethylrhodamine。
Texas Red
。
Tm値
melting tenperatureの略で、二本鎖DNAの50%が一本鎖DNAに解離する温度。
TUNEL法
TdT(terminal deoxynucleotidyl transferase)-mediated dUTP nick end labelingの略。digoxigenin(DIG。ジゴキゲニン）や蛍光色素で標識されたdUTPを一本鎖または二本鎖DNAの3'-OH末端に導入し、発色させる。
アミノ酸の省略語と分子量  印刷用はこちら(別窓)
Amino acid
アミノ酸 |
3文字表記
1文字表記 |
MW
Symbol |
構造 |
備考 |
Alanine
アラニン |
Ala
A |
89 |
 |
Glyの次に単純で、Glyにおける側鎖のHが、-CH3に置き換わったもの。どちらかというと、疎水的なアミノ酸。 |
Arginine
アルギニン
<塩基性アミノ酸> |
Arg
R |
174 |
 |
Rの由来は、Arginineの"Ar"がRの発音に似ているから。1 文字目のA をAla が使っているので、2 文字目をとった。 |
Asparagine
アスパラギン
<酸性アミノ酸> |
Asn
N |
132 |
 |
側鎖がカルボキシル基 (-COOH) の酸性アミノ酸。アスパラガスの芽の抽出液から単離され、初めて天然物から結晶として取り出されたアミノ酸。 (L. N. Vauguelin,P.J.Robiguet. [仏] 1806 ) |
Aspartic acid
アスパラギン酸
<酸性アミノ酸> |
Asp
D |
133 |
 |
AはArginineなので、acidのD。 |
| Asparagine/aspartic acid |
Asx
B |
- |
Cysteine
システイン |
Cys
C |
121 |
 |
セリンの側鎖のO原子が、同族のSにかわったもの。また、他のアミノ酸がS体（-COOH → R → -NH2 → H）であるのに対して、唯一の 例外でシステインだけがR体（側鎖 [-CH2SH] → -COOH → -NH2 → H）である。側鎖の-SH は、他のシステインの-SH と結合して、-S-S-というジスルフィド結合を つくる。この結合は、タンパク質の形をつくるのに大きな寄与をしている。 |
Glutamine
グルタミン |
Gln
Q |
146 |
 |
側鎖がカルボキシル基 (-COOH) の酸性アミノ酸。アスパラガスの芽の抽出液から単離され、初めて天然物から結晶として取り出されたアミノ酸。 (L. N. Vauguelin,P.J.Robiguet. [仏] 1806 ) |
Glutamic acid
グルタミン酸
<酸性アミノ酸> |
Glu
E |
147 |
 |
Aspよりも側鎖が1個長いので、Dの次のE。側鎖がアミド (-CONH) になるとグルタミン。グルタミン酸ナトリウム (SodiumGlutamate) は、化学調味料の代表である味の素の成分。グルタミン酸は、このグルテンからとられたアミノ酸。(H. Ritthausen [独] 1866 )。神経伝達物質 （ニューロトランスミッター : neurotransmitter）として、抑制的に 働いたり、同じく神経伝達物質であるGABA (g-aminobutyric acid：g-アミノ酪酸) の材料になっています。 |
| Glutamine/Glutamic acid |
Glx
Z |
- |
Glycine
グリシン |
Gly
G |
75 |
 |
側鎖がカルボキシル基 (-COOH) の酸性アミノ酸。アスパラガスの芽の抽出液から単離され、初めて天然物から結晶として取り出されたアミノ酸。 (L. N. Vauguelin,P.J.Robiguet. [仏] 1806 ) |
Histidine
ヒスチジン
<塩基性アミノ酸> |
His
H |
155 |
 |
側鎖の環構造はイミダゾール(imidazole)と呼ばれる。Niにキレートするので、目的のタンパク質にHisが 並ぶタグをつけてタンパク質を精製するのに使われる(詳細はGLOSSALY/Hisタグ参照)。主鎖のカルボキシル基がなくなったのがヒスタミン(Histamine)。 |
Isoleucine
イソロイシン |
Ile
I |
131 |
 |
ロイシンの構造異性体 |
Leucine
ロイシン |
Leu
L |
131 |
 |
バリンの側鎖に-CH2-が増えたもの。 |
Lysine
リジン
<塩基性アミノ酸> |
Lys
K |
146 |
 |
Lysineの頭文字Lはロイシン(Leusine)が使っているので、アルファベット順で遅いLysは、その隣のK。 |
Methioine
メチオニン |
Met
M |
149 |
 |
ペプチド合成時のStart。 |
Phenylalanine
フェニルアラニン |
Phe
F |
165 |
 |
アラニンの側鎖である-CH3 の1 つのH をフェニル基（早い話が ベンゼン環 : -C6H5）に置換したもの。というか、フェニルアラニンというのはそういうネーミングなのです。
p 位に-OH がついたものは、（ベンゼン環でなくフェノールがついたもの
が）チロシン。 |
Proline
プロリン |
Pro
P |
115 |
 |
他のアミノ酸は第1級アミン (RNH2)であるが、これは第2級アミン(R2NH)。ペプチド鎖が形をとる際に鎖をヘアピンカーブさせるのに使われる。 |
Serine
セリン |
Ser
S |
105 |
 |
アラニンの1 つのH を-OH にかえたもの。システインの側鎖のO 原子が、同族のS にかわったものとも。 |
Threonine
スレオニン(トレオニン) |
Thr
T |
119 |
 |
|
Tryptophan
トリプトファン |
Trp
W |
204 |
 |
環が2つなのでW。環構造の部分は、 インドール環。アミノ酸の名前の中で、唯一、"e" で終わらない。 |
Tyrosine
チロシン |
Tyr
Y |
181 |
 |
フェニルアラニン (Phenylalanine) のフェニル基 （ベンゼン環 :-C6H5）が、フェノールになったもの。 |
Valine
バリン |
Val
V |
117 |
 |
側鎖の形がV。 |
|
遺伝子
ゲノム配列のうち、タンパク質に翻訳される部分のこと。
遺伝子治療
正常な遺伝子を細胞に補ったり、遺伝子の欠陥を修復・修正することで病気を治療する手法のこと。
遺伝病
遺伝情報の異常によりひきおこされる病気のこと。
イントロン
ゲノムのうち、mRNAに変換(転写)されない部分のこと。
エクソン
ゲノムのうち、mRNAに変換(転写)される部分のこと。
核
真核細胞にある構造で、この中にゲノムDNAが格納されている。
ガン遺伝子
その機能が異常になることにより、正常な細胞をガン細胞に変化（分化）させる遺伝子のこと。
蛍光色素
主にタンパク質。特定波長の高エネルギーの光(励起光)を吸収し、吸収した光よりも長い波長の光(蛍光)を放出する性質を持つ分子のこと。
主な蛍光色素の励起・蛍光波長は下表のとおり。
・細胞中で強制発現させるタンパク質にタグとして付加する・抗体に結合させて目的タンパク質の局在を調べるなど、さまざまな用途に利用される。
核酸やタンパク質に結合させた蛍光色素は、単独で存在する場合と励起・蛍光波長が異なる場合があるので注意が必要。
蛍光色素
Fluorescence Dye |
励起波長(最大吸収波長)
Excitation Wavelength [nm] |
蛍光波長(最大蛍光波長)
Emission Wavelength [nm] |
| Cy3 |
547 |
563 |
| Cy5 |
649 |
670 |
| DAPI |
358 |
461 |
| FAM |
494 |
520 |
| FITC |
495 |
570 |
| PI |
488 |
620 |
| Rhodamine |
572 |
596 |
| ROX |
587 |
607 |
| TAMRA |
548 |
571 |
| Texas Red |
596 |
615 |
| VIC |
520 |
550 |
|
ゲノム
生物体が持つ遺伝情報の全体。この中には遺伝子が含まれ、近年は遺伝子以外のゲノムが注目されている。
ひとつの生物体を構成する細胞は全てが同じゲノムを持つが、組織によってはたらく(発現する)遺伝子が異なる。
ゲノム創薬
ゲノム情報を利用して医薬品を開発すること。
治療薬の候補物質を網羅的に作製してから治療への応用を考える従来の方法に逆行し、遺伝子のはたらきから医薬品の効果を予測する手法である。
原核生物
細菌など、核構造を持たない細胞からできている生物のこと。
抗原タンパク質
抗体が認識するタンパク質のこと。
抗体医薬
抗体そのものを投与することで、病気の治療が可能な抗体のこと。
Codon Usage Table コドン対応表 印刷用はこちら(別窓)
|
U |
C |
A |
G |
|
| U |
UUU Phe |
UCU Ser |
UAU Tyr |
UGU Cys |
U |
| UUC Phe |
UCC Ser |
UAC Tyr |
UGC Cys |
C |
| UUA Leu |
UCA Ser |
UAA Stop, och |
UGA Stop, opal
(Trp mt) |
A |
| UUG Leu |
UCG Ser |
UAG Stop, amb |
UGG Trp |
G |
| C |
CUU Leu |
CCU Pro |
CAU His |
CGU Arg |
U |
| CUC Leu |
CCC Pro |
CAC His |
CGC Arg |
C |
| CUA Leu |
CCA Pro |
CAA Gln |
CGA Arg |
A |
| CUG Leu |
CCG Pro |
CAG Gln |
CGG Arg |
G |
| A |
AUU Ile
(Start mt) |
ACU Thr |
AAU Asn |
AGU Ser |
U |
AUC Ile
(Start mt) |
ACC Thr |
AAC Asn |
AGC Ser |
C |
AUA Ile
(Start mt) |
ACA Thr |
AAA Lys |
AGA Arg
(Stop mt) |
A |
| AUG Met, Start |
ACG Thr |
AAG Lys |
AGG Arg
(Stop mt) |
G |
| G |
GUU Val |
GCU Ala |
GAU Asp |
GGU Gly |
U |
| GUC Val |
GCC Ala |
GAC Asp |
GGC Gly |
C |
| GUA Val |
GCA Ala |
GAA Glu |
GGA Gly |
A |
| GUG Val |
GCG Ala |
GAG Glu |
GGG Gly |
G |
|
コドン表の見方
一番左のcolumnが1st Position、上のrowが2nd Position、右のcolumnが3rd Position。
GUGはValのコドンだが、Metをコードして翻訳開始点になることもある。
(mt)はミトコンドリアのコドン対応。
シリカゲル
シリカゲルはコロイド状シリカ微粒子のかなり高い密度の三次元凝集体の一般的な名称である。シリカゲルは二酸化ケイ素の無定形の多孔体で1920年ごろからアメリカで乾燥剤(desiccant)として工業的製造が開始された。吸着剤としては、純度が高く、物理化学的に安定で、極性分子の吸着量が多く、表面積と細孔径分布を広範囲に変えられ、比較的値段が安いなどの特徴を持っている。
シリカゲルの製法
工業製法は原料として純度約98〜99%以上(Ti, Zr, Fe, Al, Caなどのケイ酸塩、酸化物を不純物として含む)の天然ケイ素と炭酸ナトリウムとをモル比1：3.2〜3.7(JIS 3〜4号)で混合融解し、得られたガラスを水に溶解する。この際、原料のケイ砂と炭酸ナトリウムの不純物の大部分は沸石などとして析出してろ過されるので得られた水溶液(水ガラス)はかなり純粋である。これに硫酸を加えて分離すると次式のような反応が生じる。
Na2O・3.3SiO2 + H2SO4 → Si(OH)4 + Na2SO4
生成したヒドロゲルを十分洗浄してNa+, SO2-などのイオンなどを除く。これを熟成して乾燥する。
この製法以外には、四塩化ケイ素とアルコールから四エトキシケイ素を得、この液体を蒸留精製し、調節されたpHで、例えば次式により加水分解する。
Si(OC2H5)4 + 4H2O = Si(OH)4 + 4C2H5OH
得られたヒドロゲルを水洗乾燥する。前記のケイ酸ナトリウムからの製品と比べるとかなり純粋であり、また薄片その他の形状に成形できるので測定試料として便利である。
真核生物
核構造を持つ細胞でできている生物のこと。
スプライシング
mRNAが一部の配列を取り除かれること。
染色体
真核生物がもつゲノムDNAは非常に長いため、ヒストンなどのタンパク質と結びついて染色体と呼ばれる構造をとる。塩基性の色素でよく染色されることからこの名が付いた。
タンパク質
Protein Molar Conversions タンパク質モル換算
100pmoles of 100,000 dalton protein = 10μg
100pmoles of 50,000 dalton protein = 5μg
100pmoles of 10,000 dalton protein = 1μg
Protein/DNA Conversions タンパク質/DNA換算
1kb of DNA = 333 amino acids of coding capacity = 3.7 x 104 daiton protein
10,000 dalton protein = 270 bp DNA
50,000 dalton protein = 1.35 kb DNA
100,000 dalton protein = 2.7 kb DNA
単位換算 Unit Conversions
m (ミリ) = 10-3
μ (マイクロ) = 10-6
n (ナノ) = 10-9
p (ピコ) = 10-12
f (フェムト) = 10-15
a (アト) = 10-18
テーラーメード医療
個人に合わせた治療法によって治療すること。個人は皆、遺伝子のはたらき方が異なるため、近年着目されている医療。
転写因子
遺伝子がmRNAに転写される際にはたらくタンパク質のこと。
データマイニング
マイクロアレイ解析などによって得られた大量のデータを統計的に処理し、目的に応じて有用な情報を引き出すこと。
トランスクリプトーム
トランスクリプション(transcription：転写)とゲノム(genome)を融合した言葉で、ある個体で転写されている全ての転写産物のこと。
ハイブリダイゼーション
相補的な塩基配列をもつDNA(RNA)同士、もしくはDNA-RNA間で2量体を形成すること。マイクロアレイ解析においては基盤上に配置されたプローブに、サンプル由来の標識されたcDNAもしくはcRNAを作用させること。
ハイブリドーマ
ミエローマ(骨髄腫細胞)を融合させることで不死化させた、抗体産生細胞のこと。半永久的に増殖を繰り返すため、均質なモノクローナル抗体を生産することが可能。
フェノクロ抽出
フェノール・クロロホルム抽出の略で、核酸を精製する際に用いられる。フェノールで溶液中に混入しているタンパク質を変性させて不溶化し、遠心することでフェノール層、タンパク質層、水層(核酸が溶けたまま)に分けることができる。
フォトリソグラフィ
半導体の製造にも使われる技術で、Affimetrix社とNimblegen社がアレイの作製に採用している。
プラスチック
「可塑性を持つもの」と言う意味で、一般に 「人工的に合成された高分子物質で可塑性のあるもの」と定義されます。
最近ではディスポーザブルな器具も増えてきて、実験に使用されるプラスチック製品は多数あります。代表的なプラスチックの性質を下の表にまとめましたので、"フェノクロ入れたら溶けちゃった！？"などの事故には気をつけてください。
各種プラスチックの性質
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ポリエチレン
(PE) |
ポリプロピレン
(PP) |
ポリカーボネート
(PC) |
ポリスチレン
(PS) |
アクリル樹脂 |
フッ素樹脂 |
| 外観 |
白色 |
乳白色半透明 |
透明 |
透明 |
透明 |
透明
(かすかに黄) |
| 用途 |
チューブ,
ビーカー,
試薬ビン,
遠心管 |
チューブ,
ビーカー,
試薬ビン,
遠心管 |
遠心管 |
シャーレ,
チューブ |
水槽,
電気泳動槽 |
ビーカー |
| 力学的強度 |
強 |
強 |
強*1) |
弱 |
強*2) |
透明
(かすかに黄) |
<耐熱性>
A.C.
100℃, 10min
90℃, 10min |
×〜△
△
○ |
○
○
○ |
△
○
○ |
××
△
○ |
××
×
△ |
○
○
○ |
<耐薬品性>
濃塩酸
30% NaOH
クロロホルム
フェノール
エタノール |
○
○
△
△
△ |
○
○
△
○
○ |
×
×
××
×
○ |
△
○
××
×
△ |
△
×
××
×
× |
○
○
○
○
○ |
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××：禁忌。瞬時に変質・変形する。×：比較的短時間で変質・変形する。△：使用できるが、長期使用で変質・変形する。使わないほうがよい。○：影響なし。
*1)オートクレーブや凍結により、強度が低下する。
*2)ただし弾性がなく、曲げる力に対しては弱い。
プローブ
直訳すると探針。サザンブロットやノザンブロットではプローブが標識されるが、マイクロアレイではサンプルが標識される。マイクロアレイの話をしていると時折、標識するサンプル側が"プローブ"と呼ばれているので注意が必要。
プロテオーム
プロテイン(protein：タンパク質)とゲノム(genome)を融合した言葉で、ある個体で翻訳されている全てのタンパク質のこと。
放射性同位体
Half-Life of Radioisotope 放射性異性体の半減期
| Radioisotope |
Half-Life |
| Carbon-14 (14C) |
5,730 years |
| Iodine-125 (125I) |
60 days |
| Phosphorus-32 (32P) |
14.3 days |
| Phosphorus-33 (33P) |
25.3 days |
| Sulfur-35 (35S) |
87.4 days |
| Tritium (3H) |
12.4 years |
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無血清培地
SFM(Serum-Free Medium)とも。
最も一般的に使用されている基本培地は、塩類、アミノ酸、糖、ビタミンおよびその他の微量必須栄養素を混合した等浸透圧性pH平衡溶液です。
このような基本培地は複合的ですが完全ではなく、補助試薬の添加が必要です。分離したタンパク質やバルクたんぱく質画分が含まれている場合があります。
補助試薬を添加しない複合的基本培地は培養細胞を短期間生存させることは可能ですが、ウシ胎児血清(FBS)やその他の体液を添加しないと増殖を維持することはできません。
血清を添加した場合、未知の生体反応因子が添加されることになります。補助試薬としての血清成分には不明な因子が多く、高コスト、入手の制限、外因性薬物や性能阻害因子の混入する可能性、およびロット間差などの理由によりさらに複雑になっています。
血清には、タンパク質、電解質、非タンパク質性含窒物、脂質、炭水化物、接着因子、ホルモン、結合タンパク質および担体タンパク質、酵素、阻害物質、およびその他の多種多様な未知の成分など、1000種類を超えるさまざまな成分が含まれていることが示唆されています。
【無血清培地の利点】未知の要因が少ない。より一定した性能が得られる。
精製および下流の処理が容易である。細胞機能の正確な評価ができる。増殖および生産性の向上。生理的反応をよりよく制御できる。細胞メディエータの検出が増強される。
【無タンパク質培地】PFM(Protein-Free Medium)無タンパク質培地は、無血清培地よりも一段階合成培地に近づいたもの。無タンパク質培地にも動物由来成分または動植物由来の未知成分(低分子量ペプチドを供給するさまざまな加水分解物など)が依然として含まれています。
【化学合成培地】Chemically-Defined 化学合成培地にはタンパク質、加水分解物、または構成未知成分は含まれていません。すべての成分の化学構造が判明しているため、一定の製品性能が得られ、ロット間での性能の変動もなくなります。
免疫染色
抗体が特定のタンパク質を認識する性質を利用して、目的のタンパク質を特異的に染色する手法。
モノクローナル抗体
ひとつの抗体分子は、抗原タンパク質の特定の箇所のみを認識する。様々な種類のモノクローナル抗体の混合物であるポリクローナル抗体よりも、目的のタンパク質の検出に非常に有益である。
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