| dH2O |
distilled Water。滅菌水のこと。MilliQや、市販の水を使ったりする。PCRは反応液量が少ない(20〜100ul)ので、余計なイオン等の混入していないキレイな水を使う。酵素を買うと、おまけについてくることもある。MilliQを使用する場合は、ビンに入れた後オートクレーブにかけることが多いが、市販の水を使用するときには既にキレイなのでそのまま使用することが多い。 |
| dNTP |
deoxy NTPの略。NTPとは、ATP・GTP・TTP・CTPをまとめてこう呼ぶ。新規に合成されるヌクレオチド鎖の材料。 |
| Mg2+ |
ポリメラーゼの活性に必要。MgSO4を入れるのが一般的。Mg2+をMn2+に変えると、合成の正確さが落ちるのでランダムミューテーションを入れることができる。 |
| プライマー |
Primer。17〜34mer程度の長さのssDNA。ポリDNA合成の開始に必須。"ここからここまでを増幅しますよ"という範囲をポリメラーゼに教えてあげるためのものと考えればよいとおもいます。DNA合成装置を使って作るが、業者に外注して作ることが多い。プライマーの配列を決定することを"設計"という。
プライマーを設計する際の注意点。
・ GC含量に偏りがないこと。
・ Tm値が60℃前後であること。
・ ヘアピンなどの分子内構造をとらないこと。
・ プライマーダイマー(2種類のプライマーが互いに結合した状態)を形成しないこと。
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| Template DNA |
鋳型DNA。10pg〜200ng程度を使用する。gDNAなら 10〜200 ng、Plasmid DNAなら 1〜50 ng。 |
| DNA ポリメラーゼ |
DNA Polymerase。PCRの試薬でこれだけは室温に放置したり、手で温めてはいけない。1本鎖のDNAを鋳型として、それに相補的な塩基配列を持つ DNA鎖を合成する酵素の総称。 |
| DMSO |
ジメチルスルホキシド dimethyl sulfoxide。デムソと読む。非プロトン性極性溶剤。塩基対を解離させる作用があるので、ターゲットがGCリッチなときに使われる。Tm値が上がるので増幅がかかりにくくなることも。 |
